أدانت القيادة المشتركة للجيش السوري الحر مقتل الشيخ سعيد البوطي في تفجير مسجد الإيمان بالعاصمة دمشق ووصفت الحادث بـ"الإرهابي والإجرامي"، وقالت في بيان لها إن مثل هذه الأعمال والسلوكيات لا تمت بأي صلة لأخلاق ومبادئ وأهداف الثورة السورية المجيدة والجيش السوري الحر. و حذر البيان من أن هذه الأعمال الإرهابية هي بداية لمرحلة خطيرة للغاية لخلط الأوراق تخوضها قوى إقليمية تستخدم ورقة الارهاب لتحقيق غايات سياسية لتبرير دخول مقاتلين من دول الجوار بحجة حماية بعض المقامات والمزارات. بدوره دان الرئيس السوري بشار الأسد، مقتل البوطي، متوعدا بالقضاء على الجناة ، وذلك في بيان نشره المكتب الإعلامي لرئاسة الجمهورية على صفحته على موقع فيسبوك.