Au 28e siècle. Alpha, la Cité intergalactique des mille planètes, abrite des êtres et des espèces venus de tous les âges et de tous les lieux pour partager leurs connaissances, leur savoir-faire et leur culture. Mais une force inconnue veut détruire cet équilibre lentement construit. Le commandant Arün Filitt charge Valérian et Laureline, deux agents spatio-temporels chargés de l'ordre dans les territoires humains, de trouver l'origine de cette menace, à bord de leur vaisseau, afin de sauvegarder non seulement Alpha mais l'avenir de l'univers...