Les "Men in Black" sont des agents du gouvernement qui ont une mission secrète bien délicate à remplir. Leur tâche consiste à surveiller les populations extraterrestres sur la Terre et à en assurer l'intégration. La discrétion de leur comportement permet de maintenir de bonnes relations avec les planètes voisines. L'agent K a déjà une longue carrière de M.I.B. derrière lui. Un jour, un engin s'écrase à proximité d'une ferme. Son occupant prend l'apparence d'un paysan, prénommé Edgar. Au même moment, K parvient à convaincre un policier, Edwards, d'intégrer les forces spéciales, sous le nom de l'agent J. Le duo de choc enquête sur les méfaits de l'alien "Edgar"...