Ha pasado mucho tiempo desde los acontecimientos de la primera película y el Bebé Jefe ha crecido. Pero cuando la Corporación Bebé tiene que enfrentarse a una nueva amenaza, el mejor agente que han tenido tiene que cambiar el traje por los pañales. Un villano particularmente insidioso intenta poner a todos los bebés en contra de sus padres y hacerlos redundantes.