Après la décantation et la filtration par sable, l'eau clarifiée de ses plus grosses particules doit encore être désinfectée. Cette 3e phase permet d'éliminer les éventuels virus et bactéries dissous dans l'eau. Dans l'usine d'eau potable de Sainte-Marthe, le procédé utilisé depuis les années 80 est celui de l'ozonation. Il consiste à mettre en contact de l'ozone avec l'eau.