Près de Johannesburg, une société privée gère le quotidien d'un immense camp de réfugiés extraterrestres. Citoyen sud-africain, Wikus Van De Merwe est l'un des membres du service de sécurité. Carriériste et sans pitié pour les aliens, il accepte avec enthousiasme la mission que lui confie sa hiérarchie : déplacer au plus vite les 1,8 millions d'extraterrestres vers un camp ultramoderne et au mode de fonctionnement beaucoup plus répressif. Bien qu'incompétent, Wikus entend saisir cette opportunité de carrière. Alors qu'il organise une première opération d'intimidation, il est contaminé par une substance inconnue. Traité dès lors comme un paria, il tente de survivre. Mais l'étrange substance fait de plus en plus effet sur son organisme...