Michael Clayton est l'un des plus talentueux avocats d'affaires de New York. Travaillant pour un important cabinet juridique, il a pour rôle d'arranger les affaires embarrassantes et autres dossiers problématiques auxquels leurs plus riches clients sont confrontés. Sans états d'âme, il parvient toujours à trouver une solution - discrètement et quels que soient les moyens à employer. Mais lorsqu'une société agrochimique demande à être conseillée sur une terrible affaire, Michael Clayton hésite à jouer le jeu. Prêts à faire d'innombrables victimes pour s'enrichir, les patrons de cette compagnie veulent que la vérité soit étouffée. Au péril de sa vie, Clayton décide de tout révéler...