Après avoir sauvé le monde avec les Avengers, Thor doit faire face, désormais, à une nouvelle menace : le puissant Malekith, assoiffé de vengeance, est bien décidé à prendre le contrôle de la Terre et des neuf royaumes pour y répandre les ténèbres. Avec l'aide de Jane Foster, le dieu du tonnerre tente le tout pour le tout afin de repousser les assauts du terrible Malekith. Mais quand il comprend que même Odin ne peut rien face au puissant personnage, Thor se résout à faire alliance avec son frère Loki, le traître, pour le combattre...