Después de haber sido contaminadas con una misteriosa sustancia química, llamada Ooze, cuatro tortugas que viven en las alcantarillas de Nueva York se transforman y mutan, de repente, en grandes tortugas. Entrenadas por una vieja pero sabia rata las cuatro tortugas, Leonardo, Miguel Ángel, Donatello y Rafael, aprenderán técnicas ninja para enfrentarse a los más peligrosos criminales.