Il cielo è scuro sopra New York City da quando Shredder e il suo Clan del Piede hanno preso il controllo; tutto è sotto il loro comando, anche la polizia e i politici. Il futuro della città sembra segnato, ma la salvezza emerge dalle fognature: quattro coraggiosi - e mutanti - fratelli noti come Tartarughe Ninja. Collaborando con l'intrepida reporter April O'Neil e con il cameraman Vern Fenwick, le Tartarughe Ninja cercheranno di salvare la città sventando il diabolico piano di Shredder...