L'histoire se déroule un jour d'Halloween au Shibuya Hikarie où une cérémonie de mariage a lieu. L'inspectrice Miwako Sato est vêtue d'une robe de mariée. Mais un intrus fait irruption et Wataru Takagi est blessé en protégeant Miwako. Pendant ce temps, un criminel s'échappe : celui qui, il y a de cela trois ans, a tué Junpei Matsuda dont Miwako était amoureuse. Rei Furuya, qui était autrefois un camarade de classe de Jinpei à l'académie de police, traque le coupable, mais une mystérieuse personne costumée apparaît et attache une bombe à son cou. Conan, qui entend parler de l'incident qui s'est produit il y a trois ans par Rei, se retrouve alors au milieu d'une nouvelle enquête...