A causa dell'incidente, Bloom e Sky sono costretti ad aggirarsi per Magix City in cerca di aiuto. Bloom sente di non appartenere più alla Terra o alla comunità magica perché Mike e Vanessa sono in realtà i suoi genitori adottivi e i suoi poteri le sono stati strappati via. Sky è però in grado di confortarla, spingendola a continuare ad essere se stessa, a prescindere dall'assenza o presenza di poteri magici.Intanto il gruppo di Griffin riesce a raggiungere Alfea, offrendo il proprio supporto nella guerra che verrà. Osservando attraverso la loro sfera magica che Griffin e le sue studentesse sono riuscite a fuggire da Torrenuvola, le Trix decidono di annientare una volta per tutte Alfea. L'assedio dell'Armata Oscura sta annientando Magix. Faragonda e Griffin riescono temporaneamente a sventare l'attacco ad Alfea, provocando l'ira delle Trix.Al termine della battaglia, Stella e Brandon si prendono un momento per discutere della loro relazione. Stella confida a Brandon di essere spaventata, ma Brandon le assicura che lui ci sarà sempre per lei, nonostante tutto quello che è successo. Brandon chiede quindi a Stella il suo perdono e Stella gli rivela di averlo già perdonato da tempo. Musa, Flora e Tecna si uniscono a loro. Stella esprime le sua preoccupazione per Bloom. Il gruppo viene interrotto quando Timmy e Riven li raggiungono per avvisarli che Faragonda li ha convocati tutti nel suo ufficio.Un successivo attacco delle Trix si abbatte su Alfea. Il giorno successivo, Bloom ascolta nuovamente la voce di Daphne attirarla verso il Lago di Roccaluce. Sky invece osservando l'Armata Oscura raggiungere Magix, desidera raggiungere il più presto possibile la cittadina. La ragazza è così costretta a dividersi da Sky per raggiungere il magico lago di Roccaluce, dal quale proviene il richiamo di Daphne.