O Exército levou a efeito o movimento de 28 de Maio de 1926, implantando em Portugal uma ditadura militar, que durou até 1932, altura em que Oliveira Salazar ocupou o poder. A partir desta data os militares mantiveram com o regime uma relação complexa.
A década de trinta ficou marcada pela reestruturação do Exército em 1937, pela guerra civil de Espanha e assinatura do Pacto de Amizade e Não-Agressão (Pacto Ibérico) entre Salazar e Franco, e pelo início da II Guerra Mundial.
Os anos quarenta iniciaram-se com a assinatura de um Protocolo Adicional ao Pacto Ibérico, continuaram com o difícil equilíbrio de relações diplomáticas com as potências beligerantes, em especial por causa dos Açores, e terminaram com a adesão de Portugal ao Pacto do Atlântico (NATO), em 1949.
A década de cinquenta foi influenciada pelo mandato presidencial do general Craveiro Lopes entre 1951 e 1958, assim como pelos contactos de uma geração de militares com as estruturas militares de outros países da NATO. Iniciou-se com a reestruturação da defesa nacional: criação do cargo de Ministro da Defesa Nacional e respectivo Secretariado-Geral de Defesa Nacional; transformação do Ministério da Guerra em Ministério do Exército; criação da Força Aérea, como ramo distinto das Forças Armadas.
Esta década terminou com os acontecimentos que rodearam a candidatura do general Humberto Delgado à presidência da República e com a nomeação de uma nova equipa para as pastas da Defesa Nacional, equipa que procedeu a uma profunda reestruturação militar.
Os anos sessenta, até ao 25 de Abril de 1974, foram dominados, no campo militar, pela guerra colonial e pela mobilização de recursos para Angola, Guiné e Moçambique.
No período que vai de 1961 a 1974, correspondente à duração das campanhas em Angola, Moçambique e Guiné, não se registam na organização do Exército alterações globais merecedoras de serem consideradas como uma verdadeira «reorganização».
Há, todavia, algumas medidas isoladas que devem ser referidas, para além da orientação dos esforços e missões da maior parte das unidades do exército, transformadas em unidades mobilizadoras de comandos e unidades expedicionárias para os territórios coloniais:
- A criação da Arma de Transmissões e da respectiva Escola Prática
- Uma nova organização territorial (DL 203/70) da qual resulta a subdivisão da 2ª RM (Tomar) em dois comandos de igual nível, com sede em Coimbra e Tomar, e a criação de um Comando Territorial do Algarve, com sede em Faro e na dependência da RM de Évora (a própria designação das RM passava a ser determinada pelo nome da cidade onde se encontrava o respectivo Quartel-General)
- A criação de algumas unidades e órgãos de características inovadoras: o Batalhão do Serviço de Material, o Batalhão de Reconhecimento das Transmissões, o Regimento de Cavalaria n.º 4 (como regimento de carros de combate), o Regimento do Serviço de Saúde e o Serviço Postal Militar
- O apetrechamento do Exército com armamentos e equipamentos próprios .