Graças aos esforços de Rockman e seus amigos, Dr. Wily foi finalmente levado à justiça. No entanto, Wily sempre soube que ele poderia ser preso um dia, e antes que isso acontecesse, o cientista havia construído quatro Robot Masters em um laboratório secreto. Se eles não recebessem nenhuma ordem de Wily em seis meses, estes se auto-ativariam e sairiam em busca de seu mestre. Após seis meses, os robôs se auto-ativaram e começaram a atacar toda a cidade onde está a prisão em que Dr. Wily está mantido. Rockman é chamado para conter a situação.
E assim começa Rockman 7.

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