Après leur succès en concert, les trois Chipmunks Alvin , Simon et Théodore retrouvent le chemin du collège : une toute nouvelle expérience pour eux ! D'autant qu'il leur faudra bientôt compter sur leurs talents musicaux pour défendre l'honneur de leur établissement dans un concours où ils devront affronter un trio féminin, les séduisantes Chipettes.