Le plus célèbre des Spy Kids, Juni Cortez, avait démissionné de l'agence. Pourtant, lorsque le jeune garçon apprend que sa soeur, est en danger, il n'hésite pas. Pour avoir tenté de percer le diabolique secret d'un jeu vidéo qui capture l'esprit de ceux qui perdent, la jeune fille en est restée prisonnière. Derrière cette arme se cache le Toymaster, un créateur qui s'apprête à prendre le contrôle du cerveau de tous les jeunes de la planète. Pour Juni, il n'y a pas une seconde à perdre. Pour sauver sa soeur et l'avenir du monde, il doit gagner la partie, et il ne peut le faire que de l'intérieur