Planète Terre, an de grâce 2065. Alors que la race humaine est menacée d'extinction par des extraterrestres malfaisants, le Dr Aki Ross part en croisade contre ces envahisseurs avec l'aide de son mentor, le Dr Sid, et de quelques têtes brûlées dirigées par le captaine Gray Edwards. Mais leur lutte est contrecarrée par le général Hein et ses hommes, ces derniers voulant déclencher un canon spatial qui éliminerait les aliens, mais aussi les derniers hommes survivants.