علاقة إسرائيل بدولة جنوب السودان لم تبح بعد بكل أسرارها، فما بدا دعما كاملا للحركة الانفصالية بالسلاح قبل الموقف الدبلوماسي، استمر في المرحلة الراهنة سندا في مختلف المجالات للدولة الوليدة الهشة، المنهمكة في مشاغلها التنموية ومشاكلها الأمنية.