Dans un avenir proche, la planète terre est entrer en contact avec une vie extraterrestre. Plus qu’une simple rencontre, le premier contact entre les deux races a permis aux aliens de prendre le pouvoir sur les humains. Colony nous plonge au sein d’une famille de Los Angeles dont le père, un ancien agent du FBI, est forcé de coopérer avec le gouvernement d’occupation. Séparé de son fils lors de l’invasion, il fera tout ce qui est en son pouvoir pour le retrouver, mettant sa vie et celle de ses proches en danger.