Siri animasi BoBoiBoy musim kedua bermula dengan kepulangan BoBoiBoy ke Pulau Rintis dan memulakan sesi persekolahan. Di sana, BoBoiBoy berkenalan dengan lebih ramai kawan-kawan baru dan berjumpa semula sahabat baiknya Gopal, Yaya, Ying dan Ochobot.

Gopal yang terlalu gembira mula bercerita tentang pelbagai perkara sehingga ke kisah rumah 'berhantu' yang berada dalam laluan seharian BoBoiBoy ke sekolah. Tidak mereka ketahui, yang rumah tersebut adalah rumah salah seorang rakan sekelas mereka yang baru sahaja berpindah ke Pulau Rintis. BoBoiBoy yang tidak mempercayai kisah tahyul mengajak Gopal ke rumah tersebut untuk menyiasat supaya Gopal tidak letih kerana terpaksa menggunakan jalan yang jauh ke sekolah setiap hari.

Sementara itu, seperti biasa Probe yang licik menceritakan tentang kisah hantu tersebut kepada AduDu dengan harapan mereka boleh berkerjasama dengan hantu tersebut untuk mengalahkan BoBoiBoy. Siapakah hantu yang dicari-cari mereka?