En mer (comme sur terre), la douane assure la protection et la sécurité des citoyens en :
- luttant contre toutes sortes de trafics, notamment les trafics de stupéfiants, d'armes et d'explosifs, d'espèces animales et végétales menacées d'extinction ;
- surveillant les mouvements de déchets nuisibles et toxiques à l'intérieur du marché unique ;
- contrôlant la circulation des produits stratégiques civils ou militaires, des produits radioactifs et celle des biens culturels, et en empêchant l'entrée en France de produits dangereux ou non conformes aux normes européennes ;
- contribuant à certaines missions de l'Etat en mer (police de la navigation, des pêches, sauvetage, lutte contre les pollutions, etc.) ;
- participant à la lutte contre l'immigration et le travail illégal ;
- relevant des infractions de droit commun dans l'exercice de tous ces contrôles.

Outre ses missions propres, la douane contribue à la réalisation de nombreuses missions interministérielles : contrôle de la pêche, sauvetage en mer, lutte contre les pollutions maritimes...

Avec 17 aéronefs, dont les deux avions français spécialisés contre la pollution maritime (avions Polmar), elle est particulièrement impliquée dans ce domaine auquel elle apporte une plus-value considérable.